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多肽修飾

D型氨基酸

常見氨基酸：D-Ala、D-Arg、D-Asn、D-Asp、D-Cys、D-Gln、D-Glu、D-His、D-Ile、D-Lys、D-Leu、D-Met、D-Phe、D-Pro、D-Ser、D-Thr、D-Trp、D-Tyr、D-Ser
非常見氨基酸：D-Abu、D-Bal、D-Cha、D-Cit、D-Hyp、D-Nle、D-Nal、D-Nva、D-Orn、D-Tic、D-Pen

甲基化及其它烷基化修飾

N-甲基化修飾： NMe-His、NMe-Met、NMe-Gly、NMe-Ala、NMe-Asn、NMe-Asp、NMe-Arg、NMe-Cys、NMe-Glu、NMe-Gln、NMe-Leu、NMe-Ile、NMe-Lys、NMe-Ser、NMe-Thr、NMe-Trp、NMe-Val、NMe-Nle、NMe-Phe
其他位點甲基化修飾：Lys(Me)、Lys(Me)2、Lys(Me)3、Arg(Me)、Arg(Me)2S、Arg(Me)2AS、Cys(Me)、Asp(OMe)、Glu(OMe)、Tyr(Me)、Trp(Me)

同位素標記

多種氨基酸 (D型以及L型)的13C，15N，D以及18O的同位素標記

熒光修飾

N端、Lys或Cys巰基：
FAM、FITC、TAMRA、Bodipy、Cy5、Cy7
N端或Lys側鏈：
DansylChlorde、Mca、Dabcyl、Dnp、CarboxyRhodamine110、7OHCCA、Tide Fluor 系列、Alexa Fluor 系列、Texas Red、QSY系列、Atto 系列
Cys巰基：DACIA、Farnesyl
Glu、Asp側鏈或者C端：Edans
雙熒光修飾 (FRET peptide)
Dabcyl+Edans
Mca+Dnp
FITC+5FAM
5FAM+TQ2Cy5+QSY21
6FAM+QSY9
5TAMRA+QSY7
DNP+DACIA5FAM+Farnesyl
Tide Fluor 555+Tide Fluor 647
Tide Fluor 488+Tide Flour550

其它側鏈修飾

Tyr衍生物：Tyr(3-Cl)、Tyr(3-NO2)、Tyr(SO3H2)
Phe衍生物：Phe(4-Cl)、Phe(4-NO2)、Phe(3-Cl）、Phe(4-CF3)
Ser側鏈烷基化：Ser(Butanoyl)、Ser(Octanoyl)、Ser(Palm)、Ser(Laury)、Ser(Myr)

PEG (聚乙二醇)修飾

PEG2、PEG4、PEG8、PEG12、PEG2000、PEG5000

環(huán)肽合成

訂書肽(stapled and stiched peptide)
首尾成環(huán)
側鏈成環(huán)（內酯、內酰胺、醚鍵等）
多重二硫鍵

多肽蛋白偶聯(lián)

KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin)
BSA (Bovine Serum Albumin)
OVA (Ovalbumin)